Si quieres dejar de ver los videos en la aplicacion nativa del Iphone solo tienes que acceder a los Ajustes del sistema luego haz tap en General y accede a las restricciones, activa las restricciones para Youtube y ya está. Ahora los enlaces de Youtube que abras desde tu Iphone, Ipad o Ipod se mostrarán en la web app de Safari y no en la aplicación nativa de iOS.

Algunas alternativas para abrir vídeos pueden ser la aplicación Sparrow o VLC entre otras.